他还对雪区地方政权作了局部调整，在保留元代以来雪区地方政权设置的十三种官职基础上，又新增设了噶（行政官员）、化本（武职官员）等职官，健全了雪区地方政权的行政机构。
为了巩固后方，他把青海辖境分为左、右两翼。自西宁西边的东科尔起，沿今湟水上游、青海湖、布哈河、布隆吉河迄额济纳河为界的东部和北部为左翼；西部和南部为右翼。分别由他的10个儿子率部驻牧，成为和硕特的根据地。规定青海当地和川西部落的赋税，全部归青海的硕特部支用。又让自己的大侄子鄂齐尔图汗担任卫拉特蒙古盟主，镇守青海。
他牢牢控制着军队的指挥权，将亲信部队，驻扎在拉萨北面的当雄一带，由大汗直接统辖，称为“当雄八旗”。
人家功绩这么大，称个汗还不应该？
??
听吕大器讲了固始汗的事迹，朱亨嘉眉头深锁。
叹了口气：“此人不好对付呀！”
吕大器忙安慰道：“监国不必过于担忧，此人有个弱点，并非成吉思汗的直系后裔，难以有效号令全蒙古”。
朱亨嘉没好气道：“不可大意，孤也不是太祖直系子孙，不也照样打下了偌大的江山？”
吕大器急忙闭嘴，暗悔自己说错了话。
“先生可知这卫拉特蒙古有多少部落，内部团结吗？”
“监国，卫拉特蒙古，吾大明称之为瓦剌。分为四大部：和硕特、准噶尔（绰罗斯）、杜尔伯特、土尔扈特，另有辉特等许多小部。固始汗所在的和硕特部，世代为卫拉特蒙古盟主。固始汗此人，惯于笼络人心，在卫拉特蒙古中威望很高，准噶尔、杜尔伯特、土尔扈特诸部皆愿听其调遣”。
内部团结，无懈可击。
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