于是，这位固始汗，便以黄教护法者的姿态，走向了统一青藏高原的政治舞台。
反黄教的敌人有三个，先打哪个好呢？先打近的。
崇祯十年，他率领本部人马，加上部分准噶尔部的军队，进入青海，突袭喀尔喀蒙古的却图汗。
这一仗打得漂亮，以少胜多。在大小乌兰和硕击败并擒杀了却图汗。史称“血山之战”。
刚打完却图汗，也不休息，直接攻打白利土司顿月吉多。
崇祯十一年，他俘虏并处死了顿月多吉，占领了白利土司统治的地区，释放了被苯教关在监狱里的格鲁派、萨迦派等所有喇嘛。由此，得到了雪区各教派（除苯教）的钦佩和感激。
崇祯十四年，他出其不意，奇兵入藏，先占领前藏大部分地区，再乘胜追击，进攻后藏。活擒了藏巴汗丹迥旺波。将这位一贯反黄教的首领，按照处死蒙古贵族的习俗，装入牛皮袋，投入湍急的雅鲁藏布江中。
资本之五，笼络人心、建立制度。
攻取拉萨后，他以黄教施主的保护者身份，成为整个藏族地区的最高统治者—汗王，形成了由蒙古汗王和格鲁派宗教领袖联合统治雪区的局面。
为了拉拢格鲁派，他重修了大昭寺和布达拉宫，让达赖驻锡布达拉宫，每年花大量的钱财供养活佛，赠给自己的老师罗桑曲吉“班禅博克多”称号。“班”是梵文班智达（学者）的简称，“禅”是藏语大的意思，“博克多”是蒙古语中，对智勇兼备杰出人物的尊称，确立了班禅活佛转世系统。
至此，格鲁派达赖、班禅，两大活佛的转世体制正式形成。
他坐镇拉萨，建立雪区地方政权。这个新政权的各级官员，都是为大汗和格鲁派领袖尽忠尽力的蒙古族、藏族的有功人士。把这些人封为贵族，赐给庄园和农奴。
他命令索南饶丹，对以往雪区的法律作了改革。制定十三法，并逐条解释说明。进一步从法律上巩固和硕特蒙古贵族与格鲁派僧侣的既得利益。
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