将和兵部有关的太仆寺并入兵部车驾司。
鉴于卫所制度崩坏，撤销和卫所制度息息相关的五军都督府。
将原本监督六部的六科给事中，并入督察院，统一行使监督职能。
这样中央层级，原本的六部、三府、五寺、两监、五司、三院裁撤为六部（吏户礼兵刑工）、两府（宗人府、詹事府）、一寺（大理寺）、两监（国子监、钦天监）、一司（通政使司）、三院（翰林院、都察院、太医院）。
地方层级
取消道一级编制。由原本的省、道、府（或直辖州）、县（或散州）四级编制，裁撤为省、府（或直辖州）、县（或散州）三级编制。
其三、整顿吏治
将原本六年一次的京察，改为三年一次。今年十二月二十日开始。
令都察院监察御使陈邦彦为广西巡按御史，巡按广西；令都察院监察御史李如月巡按广东四府一州；令都察院监察御史陈子壮巡按安南三府。这三人是朱亨嘉千方百计招募来的人才。李如月历史上曾因顶撞孙可望被剥皮，陈子壮、陈邦彦历史上抵抗满清壮烈殉国。
又在靖江王城城门口，立“登闻鼓”，让督察院轮值记录。凡政有不便于民，许其乡老、头人赴诉，立即除之；有可以便于民者，立即行之。又令地方上，不论绅士军民，有为地方起见，即一得之愚，亦许进言，立引见，不许拦阻，即妄诞之言亦不深究。朱亨嘉本来只是做个样子而已，他日理万机，唧有空接待上访？不料登闻鼓一立，感动得一众黔首齐呼监国仁德。
二、经济政策方面
其一、税收
一则：取消宗亲、官员、士绅的免税免徭役特权。为了作表率，朱亨嘉下令自家的一百多处王庄也要向户部缴税。
二则：取消各种农业杂税，只收田赋，税率十分之二。
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