因为自己的好伙伴大蛇丸叛逃了的关系，所以在得到消息的时候立刻前去阻止他，自来也却因为并没能够成功做到这件事的缘故，因此在大蛇丸离开木叶之后不久，就同样离开了村子。
追查大蛇丸的行踪，调查大蛇丸的情报，自来也就这么因为想要彻底地解决有关于大蛇丸的事情，因此很长时间都没有返回过木叶忍者村。
至于和上述两个人同样身为三忍之一的纲手，她为什么会在自己身为一代火影的孙女，并且还可以称得上是整个忍界医术最为高明的医疗忍者的情况下，离开这个她出生长大并且将之视为自己的家园的地方，则有着其他完不同的其他理由。
当初进行的各种非常危险的人体实验，项目繁多，因此，大蛇丸狡兔三窟地在木叶内外拥有许许多多不同的实验室以及基地，这一点，根本就不奇怪。
在大蛇丸当初叛逃离开之后，木叶村内部还有村子外面附近地区的这些个实验室以及基地，就算是荒废了。但是，因为其所在地点非常的隐秘的关系，因此，直到叛逃事件已经过去了两年多的现在，这些基地以及实验室也依旧没能够被部找出来并且彻底地调查清楚。
在鸣人因为自己的事情，还有宇智波的事情被叫到火影办公室里来的这一天，卡卡西作为另外一个暗部小队的成员，被委派前去解决了一个按规定不能够对其他小队的成员进行说明的任务。
因此，正是因为木叶的暗部内部存在着这样的保密规定，鸣人才会在明明已经占尽先机的情况下，并不知道今天的卡卡西究竟是出去执行什么任务的。
“木叶的普通忍者在执行任务归来的途中，于无意间在木叶村外的某个地区发现了一个疑似人工建造的秘密基地的地方，是吗？”
在被传达任务的时候得到了这样的信息，卡卡西当然非常清楚，这样一个疑似已经荒废了的秘密基地，绝对不可能会是什么普通人建造的，而只可能会是叛者大蛇丸当年所建造的东西。
毕竟，假如是其他普通忍者建造的基地的话，那么，这种不能够在事先就被定性为非常危险并且内部还有着很多重大机密的基地，是无论如何也不可能会被委派给暗部忍者，而是完可以被交给那些生活在阳光下的忍者，去进行调查的。
在接到命令之后，很快就和自己的队友们整装前去执行基地调查任务，卡卡西事实上并不知道，这个忽然间冒出来的人工基地，事实上是志村团藏故意让其从隐藏多年的状态中暴露出来，随后设下的一个请君入瓮的圈套。
而已经提前埋伏在了这个基地内部，并且默默地等待着动手的机会的人，正是以前已经和卡卡西交过两次手的木遁忍者——天藏。
完没想到自己居然会在这个地方遭遇埋伏，并且在这个地方设置下了埋伏的人还刚好就是木叶的忍者，卡卡西面对着曾经与他有过两面之缘的天藏，一开始根本就无法理解他究竟为什么要对自己动手。
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