兵分两路，一路由浙江巡抚肖起元率领，带着金华总兵马进宝、定海总兵张杰，从定海出发，攻打金塘山岛和大谢山岛；另一路由浙江提督田雄率领，带着台州总兵马信、吴松水师总兵王燝、中军副将张国勋，从崎头出发，直扑舟山本岛的沈家门。
两路清兵各有两万，清军的总兵力在四万人左右。
舟山的靖军，忠勇侯杨怀、辅明侯林察，各有陆师、水师两万，又兼并、诱降了黄斌卿、鲁监国的两万多兵马，总兵力六万余人。看上去人数比清军多，但是为了防止鲁监囯鸠占鹊巢，不得不留两万人监视鲁监囯，所以能用到战场上的军队也是四万，和清军旗鼓相当。
林察对杨怀说道：“忠勇侯，清军来了两路，不如你我各带两万人，分头迎敌如何？”
杨怀想了想答道：“沈家门位于舟山本岛，最为紧要，辅明侯汝带三万人马守卫沈家门，吾带一万人马守金塘岛和大谢山岛，等汝击溃了敌人后，再来与吾会合”。
林察大惊：“忠勇侯只带一万兵马守二岛，太危险了，还是多带些兵马吧”。
杨怀一笑：“只要辅明侯能尽快击溃沈家门方向的鞑子，与吾会合，吾这里便稳如泰山。军情紧急，吾是主将，吾说了算，立即行动”。
杨怀令部将李如碧领兵五千守金塘山岛，自己和部将杜子香领兵五千守大谢山岛。林察则带着王兴、余龙、黄大振、黄毓祺诸将三万兵马，迎战清浙江提督田雄。
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三百多艘清军战船，从定海扑向了金塘山岛。
最大的一艘福船上，定海总兵张杰正在向巡抚肖起元汇报战情。
“抚台，此处便是金塘山岛。拿下此岛，便可以攻占舟山西部的岑港，进取舟山”。
西路清军的主将是肖起元，指挥却是张杰，主要是因为张杰精于水战。
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