朱亨嘉取消了卫所官员的世袭制，改为由兵部任命。
令兵部派人清查卫所屯田，因为卫所制度早已崩坏，有些军田已经被侵占了几百年，所以特谕仅清查最近三十年的屯田。
四、民生方面
其一、取消军户、匠户的户籍限制，统一编为民户，允许他们自由择业。
其二、允许蜑户入民户籍，地方官员不得限制蜑户上岸、经商、科举等。
其三、规定民间田租最高只能收取十分之二，民间借贷最高只能十分之一。
其四、令工部督导各地修缮驿路。
其五、取消三饷，永不复征。
其六、取消徭役
原先的徭役改为雇役，由官府出钱雇人服役。此令一出，民皆悦之。
其七、官府开仓赈济饥民。
五、民族宗教方面
其一、各少数民族的寨主、头人、首领，只要愿意服从朱亨嘉统治，朱亨嘉一律承认其在自己领地的管理权，表现好的封以土官。
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